Hệ thống PCR kỹ thuật số chip giọt naica® đánh giá chính xác các dấu ấn phân tử của thịt bò Hàn Quốc để hỗ trợ nhận dạng nguồn gen.

Bò Hàn Quốc (Bos taurus coreanae) là một loài động vật có vú được thuần hóa, đóng vai trò là nguồn thực phẩm trong thị trường tiêu dùng Hàn Quốc. Lượng tiêu thụ thịt bò của giống này vượt xa các giống khác, và mô hình tiêu thụ này đã dẫn đến sự xuất hiện của các nghiên cứu phân tử nhằm phân biệt Bos taurus với các giống bò khác. Không chỉ bò, mà các giống vật nuôi có giá trị kinh tế khác nhau cũng có sự khác biệt đáng kể về giá trị kinh tế trên thị trường, vì vậy việc xác định nguồn gen chính xác là vô cùng quan trọng.

Trong một nghiên cứu trước đây, các phương pháp PCR truyền thống và giải trình tự Sanger đã được sử dụng để xác nhận việc nhận dạng các biến thể cấu trúc (SV) đặc trưng của bò Hàn Quốc được tạo ra bởi các sự kiện xóa liên quan đến yếu tố chuyển vị (TE). Chúng có thể được sử dụng như một dấu ấn phân tử để phân biệt giữa các giống bò khác nhau (ví dụ: bò Hàn Quốc và bò Holstein). Tuy nhiên, PCR có những hạn chế và mỗi mẫu có số lượng bản sao cuối cùng khác nhau. Để khắc phục những hạn chế của PCR truyền thống và đánh giá chính xác hơn các vị trí SV đặc trưng của bò Hàn Quốc được xác định trong các nghiên cứu trước đây, Khoa Khoa học Y sinh thuộc Đại học Tanguo, phối hợp với Viện Nghiên cứu Chăn nuôi và Trường Y Đại học Tanguo, đã sử dụng hệ thống PCR kỹ thuật số trên chip giọt naica® để đạt được khả năng phát hiện chính xác hơn các vị trí SV đặc trưng ở bò Hàn Quốc, và kết quả đã được công bố trên Tạp chí Genomics & Informatics như một đánh giá định lượng về dấu ấn phân tử bằng phương pháp PCR kỹ thuật số trên chip giọt.

Các yếu tố chuyển vị (TEs) chiếm khoảng một nửa bộ gen của bò. Chúng có thể là một dấu ấn đặc trưng mạnh mẽ cho loài mà không cần đột biến thoái hóa biến dị cấu trúc (SV) trong quá trình tiến hóa bộ gen. Do đó, tác giả đã áp dụng hệ thống PCR kỹ thuật số trên chip giọt naica® để định lượng chính xác các SV đặc trưng của bò Hàn Quốc. Mặc dù sự biến đổi tần số alen của mẫu trong quần thể bò Hàn Quốc tương đối thấp, hệ thống PCR kỹ thuật số trên chip giọt naica® vẫn có thể thực hiện phát hiện với độ nhạy cao thông qua định lượng tuyệt đối, đạt được định lượng chính xác hơn so với PCR truyền thống. Vì vậy, nền tảng hệ thống PCR kỹ thuật số trên chip giọt naica® phù hợp hơn cho việc đánh giá định lượng các dấu ấn phân tử so với PCR truyền thống.

Điểm nổi bật:

▶ Sử dụng hệ thống PCR kỹ thuật số chip giọt naica® giúp định lượng chính xác SV cụ thể của bò Hàn Quốc.

▶ Xét nghiệm dPCR có thể định lượng chính xác các phân tử đơn lẻ và phân tích các bản sao nhỏ của các quần thể cụ thể, đồng thời có độ chính xác cao hơn so với qPCR.

▶ Sau phương pháp giải trình tự Sanger, hệ thống PCR kỹ thuật số trên chip giọt naica® phát hiện chính xác hơn và có chi phí vận hành thấp hơn so với giải trình tự.

▶ Hệ thống PCR kỹ thuật số chip giọt naica® thích hợp cho việc đánh giá định lượng các dấu ấn phân tử.