naica® Damlacık Çip Dijital PCR Sistemi, Su Kalitesi Ortamıyla İlişkili Baskın Bakterilerin Mutlak Nicel Belirlenmesi için

Modern su ürünleri yetiştiriciliğinde, yetiştirme sisteminin su kalitesi balıkların sağlığını ve üretimini doğrudan etkiler. Mikroorganizmalar, organik madde uzaklaştırılmasında ve azot döngüsünde, ayrıca zehirli hidrojen sülfür (H2S) üretiminde çok önemli bir rol oynar. Bununla birlikte, mikroorganizmalar balıklarda hastalığa neden olursa veya probiyotik özellikler gösterirse, bu durum balıkların sağlığını doğrudan etkileyecektir.
Yakın zamanda, Fransa'dan Stilla ve Norveç'ten SINTEF Ocean, su ürünleri yetiştiriciliğinde ilgili avantajlı bakterileri tespit etmeyi amaçlayan "Dijital PCR kullanarak su ürünleri yetiştiriciliğinde öncelikli bakterilerin mutlak nicelendirilmesi" başlıklı bir makaleyi Mikrobiyolojik Yöntemler Dergisi'nde yayınlamak üzere işbirliği yaptı.

Bu makalede yazar, somon üretimiyle ilgili üç farklı bakteriyi analiz etmektedir:
Birinci tipBalıklarda ülseratif hastalıklara neden olan Moritella viscosa, bağırsaklarda kırmızı ağız hastalığına yol açan Yersinia rugkeri ve balıklarda bakteriyel soğuk su hastalığına neden olan Flavobacterium psychohilum gibi patojenler bulunmaktadır.
İkinci tipListeria monocytogenes, deniz ürünlerinden tüketicilere bulaşabilen insan patojenidir.
Üçüncü tipBalıkların beslenme ortamına zarar vererek sağlıklarını tehdit eden bakterilere sülfat indirgeyici bakteriler (SRB) denir. SRB'ler genellikle anaerobik koşullar altında sülfatı (SO42-) zehirli hidrojen sülfüre (H2S) dönüştürerek balık sağlığını etkiler. SRB tespiti, referans suşu olarak Desulfovibrio disulfuricans kullanılarak yapılabilir.
Araştırmacılar, yukarıda bahsedilen avantajlı bakteri suşlarının mutlak kantifikasyonu için naica® damlacık çip dijital PCR sisteminin tekli ve çoklu tespit yöntemlerini kullanmıştır. Sonuçlar, Moritella viscosa, Yersinia ruckeri ve Flavobacterium psychohilum'un tespit limitlerinin yaklaşık 20 fg olduğunu, Listeria monocytogenes ve Desulfovibrio disulfuricans'ın DNA tespit seviyelerinin ise 2 fg kadar düşük olabileceğini ve hepsinin yüksek doğrusal dinamik aralıklara sahip olduğunu göstermiştir (Şekil 1). Çoklu CDPCR tespitinin sonuçları, karşılık gelen tek katlı analizde tespit edilen hedef genin konsantrasyonuyla oldukça tutarlıydı (Şekil 2, Şekil 3). Bu deney, naica® damlacık çip dijital PCR sisteminin karmaşık su kalitesi örneklerinde birden fazla baskın bakteri suşunu aynı anda doğru bir şekilde kantifikasyon edebildiğini tamamen kanıtlamaktadır.