Система цифровой ПЦР на основе капельных чипов naica® для абсолютного количественного определения доминирующих бактерий, связанных с качеством воды.

В современном рыбоводстве качество воды в системе напрямую влияет на здоровье и продуктивность рыбы. Микроорганизмы играют решающую роль в удалении органических веществ и круговороте азота, а также в образовании токсичного сероводорода (H2S). Однако, если микроорганизмы вызывают заболевания у рыб или обладают пробиотическими свойствами, это напрямую влияет на их здоровье.
Недавно французская компания Stilla и норвежская SINTEF Ocean совместно опубликовали в журнале Journal of Microbiological Methods статью под названием «Абсолютная количественная оценка приоритетных бактерий в аквакультуре с использованием цифровой ПЦР», целью которой является выявление важных полезных бактерий в аквакультуре.

В данной работе автор в основном анализирует три различных вида бактерий, связанных с производством лосося:
первый типК ним относятся возбудитель заболеваний рыб, Moritella viscosa, вызывающий язвенные заболевания у рыб, Yersinia rugkeri, вызывающая красное поражение слизистой оболочки рта, и Flavobacterium psychohilum, вызывающая бактериальное заболевание, характерное для холодной воды у рыб.
второй типListeria monocytogenes — это патогенные микроорганизмы человека, которые могут передаваться от морепродуктов к потребителям.
Третий типЭто бактерии, которые угрожают здоровью рыб, повреждая среду их кормления. Сульфатредуцирующие бактерии (СРБ) обычно влияют на здоровье рыб в анаэробных условиях, превращая сульфат (SO42-) в токсичный сероводород (H2S). Обнаружение СРБ можно проводить с использованием Desulfovibrio disulfuricans в качестве эталонного штамма.
Исследователи используют систему цифровой ПЦР на основе капельного чипа naica® для однократного и многократного обнаружения вышеупомянутых полезных бактериальных штаммов. Результаты показали, что пределы обнаружения Moritella viscosa, Yersinia ruckeri и Flavobacterium psychohilum составляли около 20 фг, в то время как уровни обнаружения ДНК Listeria monocytogenes и Desulfovibrio disulfuricans могли быть всего 2 фг, и все они имели высокий линейный динамический диапазон (рис. 1). Результаты мультиплексного обнаружения CDPCR были в значительной степени согласованы с концентрацией целевого гена, обнаруженной в соответствующем однократном анализе (рис. 2, рис. 3). Этот эксперимент полностью доказывает, что система цифровой ПЦР на основе капельного чипа naica® может точно количественно определять несколько доминирующих бактериальных штаммов одновременно в сложных образцах качества воды.