Система цифровой ПЦР на основе капельных чипов naica® позволяет точно оценивать молекулярные маркеры корейской говядины для облегчения идентификации генетического материала.

Bos taurus coreanae — это одомашненное млекопитающее, являющееся источником пищи на корейском потребительском рынке. Потребление говядины этой породы значительно превышает потребление говядины других пород, и эта тенденция потребления привела к появлению молекулярных исследований, позволяющих отличить Bos taurus от других пород крупного рогатого скота. Не только крупный рогатый скот, но и различные породы сельскохозяйственных животных имеют значительные различия в своей рыночной стоимости, поэтому точная идентификация генетического материала имеет первостепенное значение.

В предыдущем исследовании для подтверждения идентификации специфических для корейского крупного рогатого скота структурных вариантов (СВ), образующихся в результате делеций, связанных с транспозонами, использовались традиционные методы ПЦР и секвенирование по Сэнгеру. Эти варианты могут использоваться в качестве молекулярного маркера для различения разных пород крупного рогатого скота (например, корейского и голштинского). Однако ПЦР имеет свои недостатки, и для каждого образца наблюдается различное конечное количественное определение копий. Чтобы преодолеть ограничения традиционной ПЦР и точно оценить специфические для корейского крупного рогатого скота сайты СВ, выявленные в предыдущих исследованиях, кафедра биомедицинских наук Университета Тангуо в сотрудничестве с Институтом исследований животноводства и Медицинской школой Университета Тангуо использовала систему цифровой ПЦР с капельным чипом naica®, что позволило добиться более точного обнаружения специфических сайтов СВ у корейского крупного рогатого скота. Результаты были опубликованы в журнале «Journal of Genomics&Informatics» в качестве количественной оценки молекулярного маркера с использованием капельной цифровой ПЦР.

Транспозиционные элементы (ТЭ) составляют приблизительно половину генома крупного рогатого скота. Они могут служить мощным видоспецифическим маркером, не вызывающим регрессионных мутаций структурных вариаций (СВ) в процессе эволюции генома. Поэтому автор применяет систему цифровой ПЦР на основе капельного чипа naica® для точного количественного определения специфических СВ корейского крупного рогатого скота. Несмотря на относительно низкую вариабельность частоты аллелей в корейской популяции крупного рогатого скота, система цифровой ПЦР на основе капельного чипа naica® позволяет проводить высокочувствительное обнаружение путем абсолютного количественного определения, достигая более точной количественной оценки, чем ПЦР. Таким образом, платформа цифровой ПЦР на основе капельного чипа naica® больше подходит для количественной оценки молекулярных маркеров по сравнению с традиционной ПЦР.

Основные моменты:

▶ Использование системы цифровой ПЦР на основе капельных чипов naica® позволяет точно количественно определить специфический SV корейского крупного рогатого скота.

▶ Метод dPCR позволяет точно количественно определять отдельные молекулы и анализировать небольшие копии определенных популяций, обладая более высокой точностью по сравнению с методом qPCR.

▶ После секвенирования по Сэнгеру система цифровой ПЦР на основе капельных чипов naica® обеспечивает точное определение и имеет более низкие эксплуатационные и финансовые затраты по сравнению с секвенированием.

▶ Система цифровой ПЦР на основе капельных чипов naica️® подходит для количественной оценки молекулярных маркеров.