Sistema de PCR digital em chip de gotículas naica® para quantificação absoluta de bactérias dominantes relacionadas à qualidade da água e ao ambiente.

Na aquicultura moderna, a qualidade da água do sistema de cultivo afeta diretamente a saúde e a produção dos peixes. Os microrganismos desempenham um papel crucial na remoção da matéria orgânica e no ciclo do nitrogênio, bem como na produção do sulfeto de hidrogênio (H₂S), uma substância tóxica. No entanto, se os microrganismos causarem doenças nos peixes ou apresentarem propriedades probióticas, isso afetará diretamente a saúde dos mesmos.
Recentemente, a Stilla, da França, e a SINTEF Ocean, da Noruega, colaboraram na publicação de um artigo intitulado "Quantificação absoluta de bactérias prioritárias na aquicultura usando PCR digital" no Journal of Microbiological Methods, com o objetivo de detectar bactérias benéficas relevantes na aquicultura.

Neste artigo, o autor analisa principalmente três bactérias diferentes relacionadas à produção de salmão:
O primeiro tipoSão eles: Moritella viscosa, um patógeno de peixes associado a doenças ulcerativas; Yersinia rugkeri, causadora da doença da boca vermelha intestinal; e Flavobacterium psychohilum, associado à doença bacteriana da água fria em peixes.
O segundo tipoA Listeria monocytogenes é um patógeno humano que pode ser transmitido de frutos do mar para os consumidores.
O terceiro tipoAs bactérias redutoras de sulfato (BRS) são uma ameaça à saúde dos peixes, prejudicando o ambiente de alimentação. Elas geralmente afetam a saúde dos peixes em condições anaeróbicas, convertendo sulfato (SO₄²⁻) em sulfeto de hidrogênio (H₂S), uma substância tóxica. A detecção de BRS pode ser realizada utilizando Desulfovibrio disulfuricans como cepa de referência.
Pesquisadores utilizaram o sistema de PCR digital em microchip naica®, com métodos de detecção simples e múltipla, para a quantificação absoluta das cepas bacterianas mencionadas anteriormente. Os resultados mostraram que os limites de detecção de Moritella viscosa, Yersinia ruckeri e Flavobacterium psychohilum foram em torno de 20 fg, enquanto os níveis de detecção de DNA de Listeria monocytogenes e Desulfovibrio disulfuricans puderam ser tão baixos quanto 2 fg, apresentando todos altos intervalos dinâmicos lineares (Figura 1). Os resultados da detecção multiplex por CDPCR foram altamente consistentes com a concentração do gene alvo detectada na análise de concentração única correspondente (Figura 2, Figura 3). Este experimento comprova que o sistema de PCR digital em microchip naica® pode quantificar com precisão múltiplas cepas bacterianas dominantes em amostras complexas de água simultaneamente.