naica® 드롭렛 칩 디지털 PCR 시스템은 드라벳 증후군 Scn1a 넌센스 돌연변이 모델에서 R613X 전사 수준을 정확하게 정량화합니다.

저자들은 Scn1a 유전자에 무의미 돌연변이(nonsense mutation)를 도입한 드라벳병 마우스 모델을 제작하였다. 이 모델에서 이형접합성 Scn1a R613X 돌연변이는 자발적 발작, 열 유발 발작에 대한 감수성, 그리고 조기 사망을 나타내어 드라벳병의 핵심 간질 표현형을 재현하였다. 본 연구에서 저자들은 naica® Droplet Chip Digital PCR System을 이용하여 야생형 Scn1a 및 R613X mRNA의 대립유전자 특이적 정량 분석을 수행하였다.

주요 지원 사항:

▶ naica® 드롭렛 칩 디지털 PCR 시스템은 드라벳 마우스 모델에서 WT Scn1a 및 R613X mRNA 대립유전자의 함량을 정확하게 정량화했습니다.

▶ 이형접합 동물에서 naica® Droplet Chip Digital PCR System은 안정적인 R613X 전사체 수준을 야생형의 8.9±0.9%로 정량화했으며, 이는 돌연변이 대립유전자의 전사체가 대뇌 피질 조직에서 비정상 종결 코돈 매개 RNA 분해(NMD)를 겪는다는 것을 나타냅니다.

대뇌 피질에서 R613X 전사체의 수준을 정량적으로 평가하기 위해 naica® Droplet Array Digital PCR System을 사용하여 야생형 Scn1a와 R613X 대립유전자를 특이적으로 검출했습니다.

결과:

naica® 마이크로드롭렛 칩 디지털 PCR 시스템은 야생형(WT) 마우스의 대뇌 피질 조직에서 R613X 대립유전자를 검출하지 못하여 해당 방법의 특이성을 확인했습니다(그림 A). Scn1aWT/R613X 조직에서는 야생형 대뇌 피질에 비해 야생형 대립유전자가 약 절반 수준으로 검출되었는데, 이는 이형접합체 동물에서 예상되는 결과입니다(그림 B). 이형접합체 동물에서 안정적인 돌연변이 R613X 전사체는 8.9±0.9%로(그림 C), 예상 수준인 50%보다 훨씬 낮았습니다. 이는 돌연변이 대립유전자의 전사체가 대뇌 피질 조직에서 강한 비정상 종결 코돈 매개 분해(NMD)를 겪는다는 것을 시사합니다.

▲그림. Scn1aWT/R613X 마우스 대뇌 피질에서 감소된 Scn1a mRNA 발현. A. 야생형(WT) 마우스의 대뇌 피질 조직에서는 R613X 대립유전자 전사체가 검출되지 않아 이 대립유전자의 특이적 검출을 보여준다. B. Scn1aWT/R613X 마우스의 대뇌 피질 조직에서 야생형 Scn1a 대립유전자의 발현량은 야생형 대뇌 피질의 48.8%였다. C. R613X 대 야생형 대립유전자의 비율은 Scn1aWT/R613X 동물에서 Scn1a R613X 대립유전자의 평균 정상 상태 수준이 야생형 대립유전자의 8.9±0.9%임을 보여준다.

원본 링크는 다음과 같습니다: https://doi.org/10.1101/2023.02.01.526678

프랑스 스틸라 테크놀로지스의 naica® 6채널 디지털 PCR 시스템은 드롭렛 생성 및 증폭 과정을 자동화하는 크리스탈 드롭렛 칩 디지털 PCR 기술을 기반으로 합니다. 각 샘플 웰은 6개의 형광 채널을 감지하고, 드롭렛을 지능적으로 식별하며, 품질 관리를 수행하고, 3시간 이내에 최소 6개 표적 유전자의 절대 복제 수 농도를 얻을 수 있습니다.