Pangaea qPCR 장비를 사용하여 KASP 유전자형 검사를 5분 만에 수행하는 방법을 알아보세요.
2024년 4월 28일
KASP란 무엇인가요?
KASP(kompetitive allele specific PCR)는 단일 염기 다형성(SNP)을 기반으로 하는 새로운 유전자형 분석 기술입니다. 이 기술은 PCR 반응 후 형광 판독을 이용합니다. 각 웰은 이중 색상 형광을 사용하여 하나의 샘플과 하나의 위치에서 가능한 두 가지 유전자형을 검출합니다. 이는 가장 효율적이고 경제적인 유전자형 분석 방법 중 하나입니다. Pangu qPCR 장비를 사용하여 KASP 유전자형 분석을 수행하는 방법을 살펴보겠습니다.
KASP 워크플로우
1단계:
상응하는 프로브와 프라이머를 설계합니다. 프라이머는 총 세 개이며, 형광 커넥터가 있는 두 개의 상류 프라이머와 하나의 범용 하류 프라이머로 구성됩니다(아래 그림 A 참조). 프로브는 총 네 개이며, 두 개의 형광 프로브와 두 개의 소광 프로브로 구성됩니다(아래 그림 B 참조). 형광 프로브와 소광 프로브는 상보적이며, 형광 프로브는 특정 상류 프라이머의 커넥터 서열(태그 서열)과 일치해야 합니다.
2단계:
PCR 증폭은 qPCR 장비를 통해 수행됩니다. 첫 번째 PCR 증폭 단계에서, 대립유전자 특이적 프라이머(3' 말단은 쌍을 이룰 수 있음)는 특정 대립유전자 주형을 식별하여 대립유전자 인식을 완료합니다. 역방향 범용 프라이머 또한 결합하여 전체 PCR 과정을 완료합니다. 이 단계에서 형광 표지 프로브는 여전히 상보적인 소광 프로브에 결합되어 있어 형광 신호가 발생하지 않습니다. 두 번째 PCR 증폭 단계부터 범용 태그 서열을 가진 주형이 생성물에 나타납니다. 이 단계를 통해 SNP에 해당하는 PCR 생성물에 범용 태그 서열이 도입됩니다. 이후, 형광 프로브가 태그에 상보적인 DNA 사슬에 결합하여 PCR 생성물에 추가되므로, 더 이상 상보적인 소광 프로브와 결합하지 않아 형광 신호가 발생합니다.
PCR 과정에서 프로브와 프라이머가 예상대로 결합하도록 하려면 어떻게 해야 할까요?
터치다운 PCR 프로그램이 설정되어 있기 때문에 프로브와 프라이머의 개별 결합이 보장됩니다. 어닐링 온도가 높으면 프라이머는 높은 Tm 값 때문에 먼저 주형에 특이적으로 결합한 다음 Taq 효소의 작용으로 증폭되어 프로브 증폭을 위한 원래 주형의 양을 증가시킵니다. 어닐링 온도가 낮아지면 프로브가 주형에 결합하기 시작하여 형광 신호를 생성합니다.
3단계:
Pangu qPCR 검사를 실행한 후, SNP 분석 메뉴에서 KASP 데이터를 확인하십시오.
판게아 실시간 PCR 시스템은 KASP 유전자형 검출을 지원합니다.
•가열 속도는 최대 8.5℃/s에 달하며, 96개의 유전자형 분석 반응을 한 번에 신속하게 완료하고 결과를 도출할 수 있어 높은 수율과 우수한 특이성을 제공합니다.
•±0.1℃의 온도 제어 정확도는 KASP의 증폭 온도에 대한 엄격한 요구 사항을 충족하여 단일 염기 차이 식별의 특이성을 보장합니다.
•12열 온도 구배 기능을 지원하여 KASP 증폭에 필요한 조건을 신속하게 최적화하는 데 편리합니다.
•광 도파관 상단 검출 방식, 가장자리 효과 및 광경로 차이 없음, 보정 불필요
•6색 검출 채널을 지원하며, 다양한 일반적인 형광 마커를 사용할 수 있고, 일반적으로 사용되는 KASP 혈액형 검사 키트와 호환됩니다.
KASP 애플리케이션
KASP 기술은 유연하고 저렴하며 정확합니다. 다른 기술에 비해 유연성이 뛰어나 고처리량 및 자동화된 검출이 용이합니다. 또한, KASP는 범용 프로브를 사용하여 다양한 유전자 특이적 프라이머와 함께 사용할 수 있으므로 각 특정 부위에 대한 프로브를 합성할 필요가 없어 실험에 필요한 시약 비용을 절감할 수 있습니다. 이 기술은 동식물 육종, 유전자원 식별, 유전자 지도 구축, 종자 순도 감별 등 다양한 분야에서 널리 활용되고 있습니다.

qMate 미니 핵산 추출 시스템