naica® 드롭렛 칩 디지털 PCR 시스템은 한국산 쇠고기의 분자 마커를 정확하게 평가하여 유전자원 식별을 지원합니다.

소(Bos taurus coreanae)는 한국 소비 시장에서 식량 자원으로 활용되는 가축 포유류입니다. 소의 쇠고기 소비량은 다른 품종에 비해 훨씬 높으며, 이러한 소비 패턴은 소 품종을 다른 소 품종과 구별하는 분자 연구를 촉발했습니다. 소뿐만 아니라 다양한 경제 가축의 품종은 시장에서의 경제적 가치에 상당한 차이가 있기 때문에 정확한 유전자원 식별은 필수적입니다.

이전 연구에서는 전통적인 PCR 방법과 Sanger 시퀀싱을 사용하여 전이성 요소(TE) 관련 결실 사건으로 생성된 한국 소 특이적 구조변이(SV)를 검증했습니다. 이러한 SV는 서로 다른 소 품종(예: 한국 소와 홀스타인 소)을 구별하는 분자 마커로 사용될 수 있습니다. 그러나 PCR은 한계가 있으며, 각 샘플마다 최종 복제본 수가 일정하지 않습니다. 이러한 전통적인 PCR의 한계를 극복하고 이전 연구에서 확인된 한국 소 특이적 SV 위치를 정확하게 평가하기 위해, 단국대학교 생의학과는 축산연구소 및 단국대학교 의과대학과 공동으로 naica® 드롭릿 칩 디지털 PCR 시스템을 사용하여 한국 소의 특정 SV 위치를 보다 정확하게 검출했습니다. 그 결과는 드롭릿 디지털 PCR을 이용한 분자 마커의 정량적 평가로 Journal of Genomics&Informatics에 발표되었습니다.

전이 요소(TE)는 소 게놈의 약 절반을 차지합니다. 이들은 게놈 진화 과정에서 구조적 변이(SV) 퇴행 돌연변이 없이 강력한 종 특이적 마커 역할을 할 수 있습니다. 따라서 본 연구에서는 나이카® 드롭릿 칩 디지털 PCR 시스템을 이용하여 한국 소의 특정 SV를 정확하게 정량화했습니다. 한국 소 집단의 대립유전자 빈도 변이가 비교적 낮음에도 불구하고, 나이카® 드롭릿 칩 디지털 PCR 시스템은 절대 정량화를 통해 고감도 검출이 가능하여 기존 PCR보다 더 정확한 정량화를 제공합니다. 따라서 나이카® 드롭릿 칩 디지털 PCR 시스템 플랫폼은 기존 PCR보다 분자 마커의 정량적 평가에 더욱 적합합니다.

하이라이트:

▶ 나이카® 드롭렛 칩 디지털 PCR 시스템을 사용하여 한국 소의 특정 SV를 정확하게 정량화합니다.

▶ dPCR 분석법은 단일 분자를 정확하게 정량화하고 특정 집단의 소량 복제본을 분석할 수 있으며, qPCR에 비해 정확도가 높습니다.

▶ Sanger 시퀀싱 후, 드롭렛 칩 디지털 PCR naica® 시스템은 시퀀싱보다 정확하고 운영 및 비용이 저렴합니다.

▶ naica️® 드롭렛 칩 디지털 PCR 시스템은 분자 마커의 정량적 평가에 적합합니다.