Il sistema di PCR digitale a chip a goccia naica® valuta con precisione i marcatori molecolari della carne bovina coreana per facilitare l'identificazione del germoplasma.

Il Bos taurus coreanae è un mammifero domestico che rappresenta una risorsa alimentare per il mercato coreano. Il consumo di carne bovina di questa razza supera di gran lunga quello di altre razze, e questo modello di consumo ha portato allo sviluppo di ricerche molecolari volte a distinguere il Bos taurus dalle altre razze bovine. Non solo i bovini, ma anche le diverse razze di animali da reddito presentano differenze significative nel loro valore economico sul mercato, pertanto un'accurata identificazione del germoplasma è fondamentale.

In uno studio precedente, i metodi tradizionali di PCR e il sequenziamento Sanger sono stati utilizzati per convalidare l'identificazione di varianti strutturali (SV) specifiche del bestiame coreano generate da eventi di delezione associati a elementi trasponibili (TE). Queste varianti possono essere utilizzate come marcatori molecolari per distinguere tra diverse razze bovine (ad esempio, bestiame coreano e bestiame Holstein). Tuttavia, la PCR presenta dei limiti e ogni campione ha una quantificazione finale delle copie variabile. Al fine di superare i limiti della PCR tradizionale e valutare accuratamente i siti di SV specifici del bestiame coreano identificati negli studi precedenti, il Dipartimento di Scienze Biomediche dell'Università di Tanguo, in collaborazione con l'Istituto di Ricerca Zootecnica e la Facoltà di Medicina dell'Università di Tanguo, ha utilizzato il sistema di PCR digitale a gocce naica®, ottenendo un rilevamento più accurato dei siti di SV specifici nel bestiame coreano. I risultati sono stati pubblicati sul Journal of Genomics & Informatics come valutazione quantitativa del marcatore molecolare mediante PCR digitale a gocce.

Gli elementi di trasposizione (TE) rappresentano circa la metà del genoma bovino. Possono costituire un potente marcatore specie-specifico, privo di mutazioni di regressione delle variazioni strutturali (SV) durante l'evoluzione del genoma. Pertanto, l'autore applica il sistema di PCR digitale a chip a goccia naica® per quantificare con precisione le SV specifiche del bestiame coreano. Sebbene la variazione della frequenza allelica del campione nella popolazione bovina coreana sia relativamente bassa, il sistema di PCR digitale a chip a goccia naica® è in grado di eseguire un rilevamento altamente sensibile attraverso la quantificazione assoluta, ottenendo una quantificazione più accurata rispetto alla PCR tradizionale. Pertanto, la piattaforma del sistema di PCR digitale a chip a goccia naica® è più adatta alla valutazione quantitativa dei marcatori molecolari rispetto alla PCR tradizionale.

Punti salienti:

▶ L'utilizzo del sistema di PCR digitale con chip a goccia naica® consente di quantificare con precisione il valore specifico di SV nei bovini coreani.

▶ Il test dPCR è in grado di quantificare con precisione singole molecole e analizzare piccole copie di popolazioni specifiche, e presenta una maggiore accuratezza rispetto alla qPCR.

▶ Dopo il sequenziamento Sanger, il sistema di PCR digitale su chip a gocce naica® rileva con precisione e ha costi operativi e di gestione inferiori rispetto al sequenziamento.

▶ Il sistema di PCR digitale a chip a gocce naica️® è adatto per la valutazione quantitativa dei marcatori molecolari.