पैंगिया qPCR उपकरण का उपयोग करके KASP जीनोटाइपिंग परीक्षण करने का तरीका पाँच मिनट में सीखें
2024-04-28
केएएसपी क्या है?
KASP (कॉम्पिटिटिव एलील स्पेसिफिक PCR) एकल न्यूक्लियोटाइड पॉलीमॉर्फिज्म (SNP) पर आधारित एक नई जीनोटाइपिंग तकनीक है। यह तकनीक PCR प्रतिक्रिया के बाद फ्लोरेसेंस रीडिंग पर आधारित है। प्रत्येक वेल में दोहरे रंग के फ्लोरेसेंस का उपयोग करके एक ही नमूने और एक ही स्थान के दो संभावित जीनोटाइप का पता लगाया जाता है। यह सबसे कुशल और किफायती जीनोटाइपिंग विधियों में से एक है। आइए देखें कि Pangu qPCR उपकरण का उपयोग करके KASP जीनोटाइपिंग का पता कैसे लगाया जाता है।
केएएसपी वर्कफ़्लो
स्टेप 1:
संबंधित प्रोब और प्राइमर डिज़ाइन करें। कुल तीन प्राइमर हैं, जिनमें से दो टाइपिंग अपस्ट्रीम हैं जिनमें फ्लोरोसेंट कनेक्टर लगे हैं और एक यूनिवर्सल डाउनस्ट्रीम है (नीचे चित्र A देखें)। कुल चार प्रोब हैं, जिनमें से दो फ्लोरोसेंट प्रोब और दो क्वेंचिंग प्रोब हैं (नीचे चित्र B देखें)। फ्लोरोसेंट प्रोब और क्वेंचिंग प्रोब एक दूसरे के पूरक हैं, और फ्लोरोसेंट प्रोब विशिष्ट अपस्ट्रीम प्राइमर के कनेक्टर अनुक्रम (टैग अनुक्रम) के अनुरूप हैं।
चरण दो:
पीसीआर प्रवर्धन एक क्यूपीसीआर उपकरण के माध्यम से किया जाता है। पीसीआर प्रवर्धन के पहले चरण में, एलील-विशिष्ट प्राइमर (जिसका तीसरा सिरा युग्मित हो सकता है) विशिष्ट एलील टेम्पलेट की पहचान करता है और एलील की पहचान पूरी करता है। रिवर्स यूनिवर्सल प्राइमर भी जुड़कर पूरी पीसीआर प्रक्रिया को पूरा करता है। इस चरण में, फ्लोरोसेंट रूप से लेबल किया गया प्रोब अभी भी अपने पूरक क्वेंचिंग प्रोब से जुड़ा होता है और कोई फ्लोरोसेंट सिग्नल उत्पन्न नहीं होता है। पीसीआर प्रवर्धन के दूसरे चरण से, उत्पाद में एक यूनिवर्सल टैग अनुक्रम वाला टेम्पलेट दिखाई देता है। यह चरण एसएनपी के अनुरूप पीसीआर उत्पाद में यूनिवर्सल टैग अनुक्रम के समावेश को पूरा करता है। इसके बाद, फ्लोरोसेंट प्रोब टैग के पूरक डीएनए श्रृंखला से जुड़कर पीसीआर उत्पाद में जुड़ जाता है, जिससे यह अपने पूरक क्वेंचिंग प्रोब से नहीं जुड़ता है और इस प्रकार एक फ्लोरोसेंट सिग्नल उत्पन्न होता है।
पीसीआर प्रक्रिया के दौरान यह कैसे सुनिश्चित किया जाए कि प्रोब और प्राइमर अपेक्षा के अनुरूप आपस में जुड़ सकें?
टचडाउन पीसीआर प्रोग्राम सेट होने के कारण, प्रोब और प्राइमर का अलग-अलग बंधन सुनिश्चित किया जा सकता है। जब एनीलिंग तापमान अधिक होता है, तो प्राइमर अपने उच्च Tm मान के कारण पहले टेम्पलेट से विशेष रूप से बंधता है, और फिर Taq एंजाइम की क्रिया के तहत प्रवर्धन करता है, जिससे प्रोब प्रवर्धन के लिए मूल टेम्पलेट की मात्रा बढ़ जाती है। एनीलिंग तापमान कम होने पर, प्रोब टेम्पलेट से बंधना शुरू कर देता है और फिर एक प्रतिदीप्ति संकेत उत्पन्न करता है।
चरण 3:
पैंगू qPCR परीक्षण चलाने के बाद, SNP विश्लेषण मेनू के अंतर्गत KASP डेटा प्राप्त करें।
पैंगिया रियल टाइम पीसीआर सिस्टम केएएसपी जीनोटाइपिंग डिटेक्शन में सहायता करता है
• गर्म करने की गति 8.5℃/सेकंड तक पहुंच सकती है, और एक बार में 96 जीनोटाइपिंग प्रतिक्रियाएं तेजी से पूरी की जा सकती हैं और परिणाम जारी किए जा सकते हैं, जिससे उत्पाद की उच्च उपज और अच्छी विशिष्टता प्राप्त होती है।
•±0.1℃ की तापमान नियंत्रण सटीकता, KASP की प्रवर्धन तापमान संबंधी सख्त आवश्यकताओं को पूरा करती है, जिससे एकल आधार अंतरों की पहचान में विशिष्टता सुनिश्चित होती है।
• यह 12-कॉलम तापमान प्रवणता फ़ंक्शन का समर्थन करता है, जो KASP प्रवर्धन के लिए आवश्यक स्थितियों के त्वरित अनुकूलन के लिए सुविधाजनक है।
• ऑप्टिकल वेवगाइड टॉप डिटेक्शन, कोई एज इफेक्ट या ऑप्टिकल पाथ डिफरेंस नहीं, कैलिब्रेशन की आवश्यकता नहीं
•6-रंगों वाला डिटेक्शन चैनल, विभिन्न सामान्य रूप से उपयोग किए जाने वाले फ्लोरोसेंट मार्करों को सपोर्ट करता है, और सामान्य रूप से उपयोग किए जाने वाले KASP टाइपिंग किट के साथ संगत है।
केएएसपी आवेदन
KASP तकनीक लचीली, सस्ती और सटीक है। अन्य तकनीकों की तुलना में, इसमें अधिक लचीलापन है और उच्च-थ्रूपुट तथा स्वचालित पहचान प्राप्त करना आसान है। इसके अलावा, KASP एक सार्वभौमिक प्रोब का उपयोग करती है जिसे विभिन्न जीन-विशिष्ट प्राइमर के साथ एक साथ इस्तेमाल किया जा सकता है, जिससे प्रत्येक विशिष्ट साइट के लिए अलग-अलग प्रोब बनाने की आवश्यकता नहीं होती और प्रयोग में अभिकर्मकों की लागत कम हो जाती है। इस तकनीक का व्यापक रूप से पशु एवं पादप प्रजनन, जर्मप्लाज्म संसाधन पहचान, आनुवंशिक मानचित्र निर्माण और बीज शुद्धता पहचान के क्षेत्रों में उपयोग किया जाता है।

qMate मिनी न्यूक्लिक एसिड निष्कर्षण प्रणाली