जल गुणवत्ता वातावरण से संबंधित प्रमुख जीवाणुओं के पूर्ण परिमाण निर्धारण के लिए नाइका® ड्रॉपलेट चिप डिजिटल पीसीआर प्रणाली

आधुनिक मत्स्यपालन में, मत्स्यपालन प्रणाली के जल की गुणवत्ता मछली के स्वास्थ्य और उत्पादन को सीधे प्रभावित करती है। सूक्ष्मजीव कार्बनिक पदार्थों को हटाने और नाइट्रोजन चक्रण में, साथ ही विषैले हाइड्रोजन सल्फाइड (H2S) के उत्पादन में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। हालांकि, यदि सूक्ष्मजीव मछली में रोग उत्पन्न करते हैं या प्रोबायोटिक गुण प्रदर्शित करते हैं, तो यह मछली के स्वास्थ्य को सीधे प्रभावित करेगा।
हाल ही में, फ्रांस की स्टिला और नॉर्वे की सिंतेफ ओशन ने मिलकर जर्नल ऑफ माइक्रोबायोलॉजिकल मेथड्स में "डिजिटल पीसीआर का उपयोग करके जलीय कृषि में प्राथमिकता वाले बैक्टीरिया का पूर्ण परिमाणीकरण" शीर्षक से एक लेख प्रकाशित किया है, जिसका उद्देश्य जलीय कृषि में प्रासंगिक लाभकारी बैक्टीरिया का पता लगाना है।

इस शोधपत्र में लेखक मुख्य रूप से सैल्मन मछली के उत्पादन से संबंधित तीन अलग-अलग जीवाणुओं का विश्लेषण करता है:
पहले प्रकारमछली में पाए जाने वाले रोगजनकों में मोरिटेला विस्कोसा शामिल है, जो मछलियों में अल्सर संबंधी रोगों से जुड़ा है, येरसिनिया रगकेरी, जो आंतों के लाल मुंह रोग का कारण बनता है, और फ्लेवोबैक्टीरियम साइकोहिलम, जो मछलियों में जीवाणुयुक्त ठंडे पानी के रोग से जुड़ा है।
दूसरे प्रकारलिस्टेरिया मोनोसाइटोजेन्स एक ऐसा रोगजनक है जो समुद्री भोजन से उपभोक्ताओं तक स्थानांतरित हो सकता है।
तीसरे प्रकारये ऐसे जीवाणु हैं जो मछलियों के भोजन वातावरण को नुकसान पहुंचाकर उनके स्वास्थ्य के लिए खतरा पैदा करते हैं। सल्फेट कम करने वाले जीवाणु (एसआरबी) आमतौर पर अवायवीय परिस्थितियों में सल्फेट (SO42-) को विषैले हाइड्रोजन सल्फाइड (H2S) में परिवर्तित करके मछलियों के स्वास्थ्य को प्रभावित करते हैं। एसआरबी का पता लगाने के लिए डेसल्फोविब्रियो डिसल्फुरिकन्स को संदर्भ जीवाणु के रूप में उपयोग किया जा सकता है।
शोधकर्ताओं ने उपर्युक्त लाभकारी जीवाणु उपभेदों के पूर्ण मात्रा निर्धारण के लिए नाइका® ड्रॉपलेट चिप डिजिटल पीसीआर प्रणाली की एकल और बहु ​​पहचान विधियों का उपयोग किया। परिणामों से पता चला कि मोरिटेला विस्कोसा, येरसिनिया रुकरी और फ्लेवोबैक्टीरियम साइकोहिलम की पहचान सीमा लगभग 20 एफजी थी, जबकि लिस्टेरिया मोनोसाइटोजेन्स और डेसल्फोविब्रियो डिसल्फुरिकन्स के डीएनए पहचान स्तर 2 एफजी तक कम हो सकते हैं, और इन सभी में उच्च रैखिक गतिशील रेंज थी (चित्र 1)। मल्टीप्लेक्स सीडीपीसीआर पहचान के परिणाम संबंधित एकल फोल्ड विश्लेषण में पता लगाए गए लक्ष्य जीन की सांद्रता के साथ अत्यधिक सुसंगत थे (चित्र 2, चित्र 3)। यह प्रयोग पूरी तरह से सिद्ध करता है कि नाइका® ड्रॉपलेट चिप डिजिटल पीसीआर प्रणाली जटिल जल गुणवत्ता नमूनों में एक साथ कई प्रमुख जीवाणु उपभेदों की सटीक मात्रा निर्धारित कर सकती है।