Le système de PCR numérique sur puce à gouttelettes naica® évalue avec précision les marqueurs moléculaires du bœuf coréen pour faciliter l'identification du matériel génétique.

Le Bos taurus coreanae est un mammifère domestique qui constitue une ressource alimentaire sur le marché coréen. Sa consommation de viande bovine dépasse largement celle des autres races, ce qui a conduit à l'émergence de recherches moléculaires visant à distinguer le Bos taurus des autres races bovines. Outre les bovins, les différentes races d'animaux d'élevage présentent également des différences significatives de valeur marchande ; une identification précise du matériel génétique est donc essentielle.

Dans une étude précédente, les méthodes PCR traditionnelles et le séquençage Sanger ont été utilisés pour valider l'identification des SV spécifiques aux bovins coréens, générés par des événements de délétion associés à des éléments transposables. Ces SV peuvent servir de marqueur moléculaire pour distinguer différentes races bovines (par exemple, les bovins coréens et les bovins Holstein). Cependant, la PCR présente des limitations et le nombre de copies finales varie d'un échantillon à l'autre. Afin de pallier ces limitations et d'évaluer précisément les sites SV spécifiques aux bovins coréens identifiés dans les études précédentes, le Département des sciences biomédicales de l'Université de Tanguo, en collaboration avec l'Institut de recherche sur l'élevage et la Faculté de médecine de l'Université de Tanguo, a utilisé le système de PCR numérique sur puce à gouttelettes naica®. Ce système a permis une détection plus précise des sites SV spécifiques chez les bovins coréens, et les résultats, publiés dans le Journal of Genomics & Informatics, constituent une évaluation quantitative du marqueur moléculaire par PCR numérique sur puce à gouttelettes.

Les éléments de transposition (ET) représentent environ la moitié du génome bovin. Ils constituent un marqueur spécifique d'espèce puissant, sans mutations de régression des variations structurales (VS) au cours de l'évolution du génome. C'est pourquoi l'auteur utilise le système de PCR numérique sur puce à gouttelettes naica® pour quantifier avec précision les VS spécifiques des bovins coréens. Bien que la variation de fréquence allélique de l'échantillon au sein de la population bovine coréenne soit relativement faible, le système naica® permet une détection très sensible par quantification absolue, offrant une quantification plus précise que la PCR traditionnelle. Ainsi, la plateforme naica® est plus adaptée à l'évaluation quantitative des marqueurs moléculaires que la PCR traditionnelle.

Points forts:

▶ L'utilisation du système de PCR numérique sur puce à gouttelettes naica® permet de quantifier avec précision le SV spécifique des bovins coréens.

▶ Le test dPCR peut quantifier avec précision des molécules uniques et analyser de petites copies de populations spécifiques, et présente une précision supérieure à celle du qPCR.

▶ Après le séquençage Sanger, le système PCR numérique sur puce à gouttelettes naica® détecte avec précision et présente un coût et une utilisation inférieurs à ceux du séquençage.

▶ Le système de PCR numérique sur puce à gouttelettes naica️® est adapté à l'évaluation quantitative des marqueurs moléculaires.