Sistema de PCR digital con chip de gotas naica® para la cuantificación absoluta de bacterias dominantes relacionadas con la calidad del agua.

En la acuicultura moderna, la calidad del agua del sistema de cultivo afecta directamente la salud y la producción de los peces. Los microorganismos desempeñan un papel crucial en la eliminación de materia orgánica y el ciclo del nitrógeno, así como en la producción de sulfuro de hidrógeno (H₂S), una sustancia tóxica. Sin embargo, si los microorganismos causan enfermedades en los peces o presentan propiedades probióticas, esto afectará directamente su salud.
Recientemente, Stilla de Francia y SINTEF Ocean de Noruega colaboraron para publicar un artículo titulado "Cuantificación absoluta de bacterias prioritarias en acuicultura mediante PCR digital" en la revista Journal of Microbiological Methods, con el objetivo de detectar bacterias beneficiosas relevantes en la acuicultura.

En este artículo, el autor analiza principalmente tres bacterias diferentes relacionadas con la producción de salmón:
El primer tipoSe trata de patógenos de peces, Moritella viscosa, que está asociada con enfermedades ulcerosas en peces, Yersinia rugkeri, que causa la enfermedad de la boca roja intestinal, y Flavobacterium psychohilum, que está asociada con la enfermedad bacteriana del agua fría en peces.
El segundo tipoLa Listeria monocytogenes es un patógeno humano que puede transmitirse de los mariscos a los consumidores.
El tercer tipoSe trata de bacterias que amenazan la salud de los peces al dañar su entorno de alimentación. Las bacterias reductoras de sulfato (BRS) suelen afectar la salud de los peces en condiciones anaeróbicas al convertir el sulfato (SO42-) en sulfuro de hidrógeno (H2S), que es tóxico. La detección de BRS se puede realizar utilizando Desulfovibrio disulfuricans como cepa de referencia.
Los investigadores utilizan naica® Los métodos de detección simple y múltiple del sistema de PCR digital de microgotas se utilizan para la cuantificación absoluta de las cepas bacterianas ventajosas mencionadas anteriormente. Los resultados mostraron que los límites de detección de Moritella viscosa, Yersinia ruckeri y Flavobacterium psychohilum fueron de alrededor de 20 fg, mientras que los niveles de detección de ADN de Listeria monocytogenes y Desulfovibrio disulfuricans podrían ser tan bajos como 2 fg, y todos ellos tuvieron altos rangos dinámicos lineales (Figura 1). Los resultados de la detección multiplex CDPCR fueron altamente consistentes con la concentración del gen objetivo detectado en el análisis simple correspondiente (Figura 2, Figura 3). Este experimento demuestra completamente que naica® El sistema de PCR digital de microgotas puede cuantificar con precisión múltiples cepas bacterianas dominantes en muestras complejas de calidad del agua simultáneamente.