نظام naica® لتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي بتقنية الرقاقة القطرة يُقيّم بدقة المؤشرات الجزيئية للحوم البقر الكورية للمساعدة في تحديد الأصول الوراثية

يُعدّ الثور الكوري (Bos taurus coreanae) من الثدييات المستأنسة التي تُستخدم كمصدر غذائي في السوق الاستهلاكية الكورية. ويتجاوز استهلاك لحومه استهلاك السلالات الأخرى بكثير، وقد أدى هذا النمط الاستهلاكي إلى ظهور أبحاث جزيئية تميز الثور الكوري عن سلالات الماشية الأخرى. ولا تقتصر الاختلافات في القيمة الاقتصادية على الماشية فحسب، بل تشمل أيضاً سلالات الحيوانات الاقتصادية المختلفة، مما يجعل تحديد الأصول الوراثية بدقة أمراً بالغ الأهمية.

في دراسة سابقة، استُخدمت طرق تفاعل البوليميراز المتسلسل التقليدية وتقنية سانجر للتسلسل الجيني للتحقق من تحديد المتغيرات البنيوية الخاصة بالأبقار الكورية والناتجة عن أحداث الحذف المرتبطة بالعناصر القابلة للنقل. ويمكن استخدام هذه المتغيرات كعلامة جزيئية للتمييز بين سلالات الأبقار المختلفة (مثل الأبقار الكورية وأبقار هولشتاين). ومع ذلك، فإن لتفاعل البوليميراز المتسلسل عيوبًا، وتختلف كمية النسخ النهائية من عينة لأخرى. وللتغلب على قيود تفاعل البوليميراز المتسلسل التقليدي، ولتقييم مواقع المتغيرات البنيوية الخاصة بالأبقار الكورية التي حُددت في الدراسات السابقة بدقة، استخدم قسم العلوم الطبية الحيوية في جامعة تانغو، بالتعاون مع معهد بحوث الثروة الحيوانية وكلية الطب بجامعة تانغو، نظام تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي بتقنية الرقاقة القطرية من شركة naica®، والذي حقق كشفًا أكثر دقة لمواقع المتغيرات البنيوية المحددة في الأبقار الكورية. وقد نُشرت النتائج في مجلة علم الجينوم والمعلوماتية كتقييم كمي للعلامة الجزيئية باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي بتقنية الرقاقة القطرية.

تُشكّل عناصر النقل (TEs) ما يقارب نصف جينوم الأبقار. ويمكن أن تكون هذه العناصر مؤشراً نوعياً قوياً، إذ لا تتأثر بطفرات التراجع البنيوي (SV) أثناء تطور الجينوم. لذلك، يستخدم الباحث نظام naica® لتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي على رقاقة القطرات (droplet chip digital PCR system) لقياس التغيرات البنيوية النوعية في الأبقار الكورية بدقة عالية. ورغم أن تباين تردد الأليلات في عينة الأبقار الكورية منخفض نسبياً، إلا أن نظام naica® لتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي على رقاقة القطرات (droplet chip digital PCR system) يتميز بقدرته على الكشف عالي الحساسية من خلال القياس الكمي المطلق، محققاً بذلك دقة أعلى من تقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل التقليدية (PCR). لذا، يُعد نظام naica® لتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي على رقاقة القطرات (droplet chip digital PCR system) أكثر ملاءمة للتقييم الكمي للمؤشرات الجزيئية مقارنةً بتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل التقليدية.

أبرز النقاط:

▶ استخدام نظام تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي لرقائق القطرات naica® يحدد بدقة كمية SV المحددة للأبقار الكورية.

▶ يمكن لفحص dPCR أن يحدد بدقة كمية الجزيئات المفردة ويحلل النسخ الصغيرة من مجموعات سكانية محددة، وله دقة أعلى مقارنة بـ qPCR.

▶ بعد تسلسل سانجر، يقوم نظام PCR الرقمي لرقاقة القطرات naica® بالكشف بدقة ويتميز بانخفاض تكلفة التشغيل مقارنةً بالتسلسل.

▶ نظام تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي ذو رقاقة القطرات naica️® مناسب للتقييم الكمي للعلامات الجزيئية.